โปรตีนไอโซเลต เป็นโปรตีนที่ได้จากพืช หรือสัตว์ นำมาสกัดและทำให้บริสุทธิ์จะมีโปรตีนประมาณ 90 เปอร์เซ็นต์ เช่น
โปรตีนสกัดจากถั่วเหลือง (soy protein isolate) หรือโปรตีนสกัดจากเวย์ (whey protein isolate) เป็นต้น