อาหารที่เหมาะสำหรับการฆ่าเชื้อระบบ HTST คืออาหารเหลว ซึ่งสามารถไหลได้ และให้ความร้อนเพื่อฆ่าเชื้อขณะที่กำลังไหล เช่น น้ำนม น้ำผัก ผลไม้ เครื่องดื่ม อาหารเหลวหากมีชิ้นเนื้อ ต้องมีขนาดเล็ก เพื่อให้ไม่เกิด cold point

• อาหารที่เป็นกรด (acid food, pH น้อยกว่า 4.6 ) เช่น น้ำผลไม้ หลังการฆ่าเชื้อด้วย HTST process แล้วบรรจุแบบปลอดเชื้อ (aseptic packaging) เป็นผลิตภัณฑ์ที่มีอายุการเก็บรักษาได้นาน (shelf stable) สามารถเก็บรักษาที่อุณหภูมิห้องได้โดยไม่ต้องแช่เย็น
• อาหารกรดต่ำ (low acid food, pH มากกว่า 4.6) เช่น น้ำนม น้ำกะทิ การใช้ HTST เป็นการฆ่าเชื้อระดับการพาสเจอไรซ์ (pasteurization) ไม่เพียงพอที่จะทำลายสปอร์ของแบคทีเรีย (bacterial spore) ได้ หลังการบรรจุ จึงต้องเก็บรักษาอาหารนี้ไว้แบบอาหารแช่เย็น (อุณหภูมิต่ำกว่า 4 องศาเซลเซียส)

การกำหนดอุณหภูมิและเวลาในระบบ HTST