จุลินทรีย์ (micro-organism) หมายถึง สิ่งมีชีวิตที่มีขนาดเล็กมาก ส่วนใหญ่มองด้วยตาเปล่าไม่เห็น สามารถเห็นได้ด้วยอุปกรณ์ขยาย
เช่น กล้องจุลทรรศน์ ได้แก่

• แบคทีเรีย
• ยีสต์
• รา
• ไวรัส
• ปรสิต

ความสัมพันธ์ของจุลินทรีย์กับอาหาร

• จุลชีววิทยาทางอาหาร (food microbiology)
• จุลินทรีย์กับการเน่าเสียของอาหาร (microbial spoilage)
• จุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรค (pathogen)
• จุลินทรีย์กับการหมัก (fermentation)
• จุลินทรีย์กับการถนอมอาหาร (food preservation)