การเสื่อมเสียของอาหารกระป๋อง ส่วนใหญ่มีสาเหตุมาจากการกระทำของจุลินทรีย์ที่สร้างสปอร์ทนความร้อนเกือบทั้งหมด แบคทีเรียที่สร้างสปอร์ที่เกี่ยวข้องกับอาหารมี 2 สกุล ได้แก่ Clostridium และ Bacillus สำหรับ Clostridium มีทั้งชนิดที่ไม่ต้องการอากาศในระหว่างการเจริญ (strict anaerobes) และชนิดที่เจริญได้ทั้งสภาพที่มีและไม่มีอากาศ (facultative anaerobes) แต่ชอบเจริญในสภาพที่ไม่มีอากาศมากกว่า ส่วน Bacillus มีตั้งแต่ชนิดที่ต้องการอากาศในการเจริญ (aerobes) ไปจนถึงพวกที่เจริญได้ทั้งสภาพที่มีและไม่มีอากาศ

การเสียของอาหารกระป๋องโดยจุลินทรีย์มาจากสาเหตุที่สำคัญ 3 ประการ ได้แก่

1. Thermophilic sporeformers

2. Underprocessing

3. การเสื่อมเสียของอาหารกระป๋องเนื่องจากกระป๋องรั่ว