เอนไซม์ทริพซิน และไคโมทริพซินทั้งสองชนิดนี้เป็นเอนไซม์ที่ย่อยโปรตีนแบบเอนโดเพปทิเดส (endopeptidase)
คือเอนไซม์นี้จะไฮโดรไลซ์พันธะในโมเลกุลของโปรตีน หรือโปรตีโอส หรือเพปโทน ซึ่งเป็นผลิตผลที่ได้มาจากการ
ไฮโดรไลซ์โปรตีนภายในกระเพาะอาหาร จึงถูกไฮโดรไลซ์ต่อให้เป็นสายพอลิเพปไทด์ที่สั้นลง

ทั้งทริพซินและไคโมทริพซินจะหลั่งออกมาในรูปที่ยังทำงานไม่ได้ คือ อยู่ในรูปทริพซิโนเจน (trypsinogen) และ
ไคโมทริพซิโนเจน (chymotrypsinogen) ตามลำดับ การเปลี่ยนทริพซิโนเจนให้เป็น ทริพซินต้องใช้เอนไซม์
เอนเทอโรไคเนส (enterokinase) ซึ่งพบที่มิวโคซาของลำไส้เล็ก และเอนไซม์ทริพซินจะไปเปลี่ยนไคโมทริพซิโนเจน
ให้เป็นไคโมทริพซิน และเปลี่ยนโปรคาร์บอกซีเพปทิเดส (procarboxypeptidase) ให้เป็นคาร์บอกซีเพปทิเดส 4                      

เอนไซม์ทริพซินจะมีความเฉพาะเจาะจงในการไฮโดรไลซ์พันธะเพปไทด์ที่เกิดจากกรดแอมิโนที่มีสมบัติเป็นด่าง
(basic amino acid) เช่น อาร์จินีนและไลซีน ส่วนเอนไซม์ไคโมทริพซินมีความเฉพาะเจาะจงในการไฮโดรไลซ์พันธะ
เพปไทด์ที่เกิดจากกรดแอมิโนที่มีวงแหวน (aromatic amino acid) เช่น ฟีนิลแอลานีน ไทโรซีน และทริพโตเฟน