ปัจจัยที่มีผลต่อประสิทธิภาพของ sanitizer ได้แก่

1. ความเข้มข้นของสารเคมี โดยทั่วไปพบว่าที่สารเคมีที่มีความเข้มข้นสูงกว่าจะมีประสิทธิภาพในการยับยั้งหรือทำลายจุลินทรีย์ได้ดีกว่าและประสิทธิภาพของสารเคมีจะมีความแตกต่างกันไปตามกลุ่มของจุลินทรีย์ เช่น คลอรีนจะมีผลในการยับยั้งหรือทำลายไวรัสและสปอร์ของแบคทีเรียเมื่อใช้ที่ความเข้มข้นสูงเท่านั้น

2. เวลาที่สารเคมีสัมผัสกับจุลินทรีย์ (contact time) เมื่อปล่อยให้เวลาที่สารเคมีสัมผัสกับจุลินทรีย์นานขึ้น จะทำให้จุลินทรีย์ถูกยับยั้งหรือถูกทำลายมากขึ้นไปด้วย

3. ค่า pH ของ sanitizer ของสภาพแวดล้อมจะมีผลต่อประสิทธิภาพของ sanitizer เช่น ประสิทธิภาพของไฮโพคลอไรต์ (hypochlorites) จะขึ้นอยู่กับปริมาณของสัดส่วนในรูปที่เป็นกรดไฮโพคลอรัส (hypochlorous) ที่ไม่แตกตัวในสารละลาย ซึ่งจะขึ้นอยู่กับค่า pH ของสารละลายกรดไฮโพคลอรัสในรูปที่ไม่แตกตัว จะเข้าสู่ภายในเซลล์ทำลายเมแทบอลิซึมของเซลล์ โดยการออกซิไดส์สารต่างๆ ถ้าความเป็นกรด (acidity) ของสารละลายเพิ่มขึ้น ปริมาณของกรดในรูปที่ไม่แตกตัวจะสูงขึ้นไปด้วย ตัวอย่างเช่น ค่า D ของสปอร์ Bacillus cereus ในสารละลายคลอรีนความเข้มข้น 25 ส่วนในล้านส่วน คือ 2.5 นาที ที่ pH 6.0 แต่จะเพิ่มขึ้นเป็น 20 นาที ที่ pH 9.0 เป็นต้น

4. ความกระด้างของน้ำ (hardness of water) มีผลต่อ sanitizer บางชนิด เนื่องจากผลของแคลเซียมและแมกนีเซียมไอออนอาจช่วยป้องกันไม่ให้สารประกอบควอเตอร์นารีแอมโมเนียมไปทำลายเซลล์เมมเบรนของแบคทีเรีย เป็นต้น

5. ปริมาณของจุลินทรีย์ ถ้ามีปริมาณจุลินทรีย์มากจะทำให้การฆ่าเชื้อยากขึ้น ถ้าใช้ sanitizer ที่ความเข้มข้นเดียวกันพบว่า ถ้ามีจุลินทรีย์มากกว่าจะใช้เวลาในการสัมผัสจุลินทรีย์ เพื่อทำลายเชื้อนานมากขึ้น

6. ชนิดของจุลินทรีย์ ความทนต่อ sanitizer ของจุลินทรีย์ชนิดต่างๆ จะแตกต่างกัน เช่น สารประกอบควอเตอร์นารีแอมโมเนียม ซึ่งมีประสิทธิภาพสูงในการทำลายแบคทีเรียแกรมบวก แต่ไม่มีผลทำลายสปอร์แบคทีเรีย ส่วนคลอรีนมีประสิทธิภาพในการทำลายแบคทีเรียและสปอร์ ยีสต์ เชื้อราและไวรัส โดยจะขึ้นอยู่กับความเข้มข้นที่ใช้

7. ปริมาณของสารอินทรีย์ที่มีอยู่ ซึ่งอาจมีผลปกป้องจุลินทรีย์จาก sanitizer สารเคมีที่มีสมบัติเป็นตัวออกซิไดส์ที่รุนแรงจะสามารถทำปฏิกิริยากับสารอินทรีย์ได้หลายชนิดและมีผลทำให้ประสิทธิภาพในการยับยั้งจุลินทรีย์ลดลง ตัวอย่างเช่น คลอรีน ซึ่งสามารถออกซิไดส์สารอินทรีย์ต่างๆ ในน้ำได้ แต่ปริมาณที่เติมลงไปในน้ำจะต้องมีการคำนวณเพื่อให้มีปริมาณของคลอรีนในรูปคลอรีนที่เหลืออยู่ (residual chlorine) ที่สามารถให้ผลในการทำลายจุลินทรีย์ได้

8. อุณหภูมิขณะที่ใช้สาร sanitizer จากการที่อัตราการเกิดปฏิกิริยาเคมีจะเพิ่มขึ้นเมื่ออุณหภูมิสูงขึ้น ดังนั้นเมื่ออุณหภูมิสูงขึ้น sanitizer (ที่มีประสิทธิภาพเฉพาะในช่วงอุณหภูมิหนึ่งๆ) จะมีประสิทธิภาพสูงขึ้นในการทำลายหรือยับยั้งจุลินทรีย์