สารพิษที่เกิดขึ้นในระหว่างการแปรรูป เป็นการเปลี่ยนแปลงโดยปฏิกิริยาทางเคมี หรือปฏิกิริยาที่เร่งด้วยเอนไซม์ระหว่างสารที่เป็น
องค์ประกอบอยู่ในอาหารด้วยกันเอง หรือระหว่างสารเคมีที่เติมลงไปจากภายนอกกับสารที่เป็นองค์ประกอบอยู่ในอาหาร
สารพิษกลุ่มนี้แบ่งออกได้ดังนี้

1. สารพิษที่เกิดจากการเผาไหม้สารอาหารอย่างไม่สมบูรณ์ (pyrogenic toxicants)
2. สารพิษที่ปนเปื้อนและเกิดจากปฏิกิริยาออกซิเดชันของไขมันและน้ำมัน
3. สารพิษที่ปนเปื้อนจากกระบวนการผลิต