Underprocessing การเสียของอาหารกระป๋องเนื่องจากได้รับความร้อนไม่เพียงพอ
การให้ความร้อนไม่เพียงพอในการทำลายจุลินทรีย์ อาจมีสาเหตุมาจากความผิดพลาดในการทำงานของหม้อนึ่งฆ่าเชื้อ
เนื่องจากความผิดปกติในการทำงานของเทอร์โมมิเตอร์ และอุปกรณ์สำหรับควบคุมอื่นๆ การให้ความร้อนไม่เพียงพอ อาจเป็น
สาเหตุทำให้สปอร์ของ Clostridium และ Bacillus บางชนิดอยู่รอด งอก เจริญ และเป็นสาเหตุการเสียของอาหารในเวลาต่อมา
C.botulinum เป็นแบคทีเรียชนิดที่มีความสำคัญมากที่สุด ซึ่งจะเจริญและสร้างสารพิษอันตราย การเน่าเสียของอาหารโดยเชื้อ
C.botulinum เกิดขึ้นเนื่องจากการย่อยสลายคาร์โบไฮเดรตและโปรตีน C.butyricum และ C.pasteurianum สามารถหมัก
คาร์โบไฮเดรตให้เป็นกรดระเหย แก๊สไฮโดรเจน และแก๊สคาร์บอนไดออกไซด์ ซึ่งเป็นสาเหตุทำให้กระป๋องบวมได้เช่นกัน
C.sporogens, C.butyricum และ C.pasteurianum สามารถย่อยสลายโปรตีนให้เป็นไฮโดรเจนซัลไฟด์ เมอแคพแทน
(mercaptans) อินโดล (indole) สคาโทล (skatole) แอมโมเนีย แก๊สไฮโดรเจน และแก๊สคาร์บอนไดออกไซด์ ซึ่งเป็นสาเหตุ
ที่ทำให้กระป๋องบวม
สำหรับสปอร์ของเชื้อ Bacillus spp. ที่ชอบเจริญในสภาพที่ไม่มีอากาศ ซึ่งอยู่รอดจะไม่เจริญในอาหารกระป๋อง แต่ถ้าเป็นสปอร์
ของ Bacillus spp. ชนิดที่เจริญได้ทั้งสภาพทีมีและไม่มีอากาศจะเจริญได้ในกระป๋อง สร้างกรดและแก๊สคาร์บอนไดออกไซด์
เช่น B.subtilis และ B.coagulans
นอกจากนี้ การเสียของอาหารในกระป๋องอาจไม่พบจุลินทรีย์ที่มีชีวิต เพราะการเสียของอาหารอาจเกิดขึ้นก่อนการให้ความร้อน
หรือเชื้ออาจตายระหว่างเก็บรักษา