โปรตีนไม่สมบูรณ์ คือโปรตีนที่มีชนิดและปริมาณของกรดแอมิโนจำเป็นไม่ครบถ้วนตามที่ร่างกายต้องการ เช่น โปรตีนในข้าวและข้าวสาลี มีไลซีนต่ำ และโปรตีนในข้าวโพดมี ทริพโตเฟนต่ำ ไม่เพียงพอต่อความต้องการของร่างกาย ซึ่งตรงกันข้ามกับโปรตีนในไข่ขาวซึ่งเป็นโปรตีนสมบูรณ์ คือมีชนิดและปริมาณของกรดแอมิโนจำเป็นครบถ้วนในสัดส่วนตามที่ร่างกายต้องการ