โปรตีนที่ไม่สมบูรณ์ เป็นโปรตีนที่มีกรดแอมิโนจำเป็นบางชนิดขาดไป หรือมีปริมาณน้อย จัดเป็นโปรตีนที่ด้อยคุณภาพ เรียกว่า โปรตีนที่ไม่สมบูรณ์ (incomplete protein) เช่น โปรตีนที่ได้จากธัญชาติต่างๆ และถั่วต่างๆ
