คุณค่าทางชีวภาพของโปรตีน หรือค่า BV เป็นอีกวิธีการหนึ่งที่ใช้ประเมินคุณภาพของโปรตีน คุณค่าทางชีวภาพของ
โปรตีนชนิดใด เป็นการวัดว่าเมื่อกินโปรตีนชนิดนั้นเข้าสู่ร่างกาย จะมีไนโตรเจนเหลืออยู่ในร่างกายเท่าใด ในการรักษาสภาพ
หรือเพื่อการเจริญเติบโตของร่างกาย และมีสุขภาพดีเปรียบเทียบกับปริมาณไนโตรเจนที่ร่างกายดูดซึมเข้าไป ซึ่งการวัด
คุณค่าทางชีวภาพจะกระทำการทดสอบในสัตว์ทดลอง และสามารถกระทำการทดสอบกับคนก็ได้ ผู้ทดลองหรือสัตว์ทดลอง
จะได้รับอาหารที่ไม่มีไนโตรเจน (nitrogen-free diet) เป็นระยะเวลาประมาณ 7-10 วัน หลังจากนั้นให้สัตว์ทดลองกินอาหาร
ที่มีโปรตีนที่ถูกทดสอบ ให้มีปริมาณโปรตีนเท่ากับความต้องการของร่างกายเป็นระยะเวลาที่เท่ากัน เก็บอุจจาระและปัสสาวะ
ในแต่ละวัน นำมาวิเคระห์หาปริมาณไนโตรเจนที่ขับออกมาในอุจจาระและปัสสาวะ ตลอดระยะเวลาที่ทำการทดลองทั้งระหว่าง
ที่กินอาหารที่ปราศจากไนโตรเจนและอาหารที่มีโปรตีนตัวอย่าง แล้วนำมาคำนวณหาผลต่างของปริมาณไนโตรเจนในอุจจาระ
และปัสสาวะ นำค่าปริมาณไนโตรเจนที่ขับออกมาในอุจจาระและปัสสาวะมาเปรียบเทียบกัน ซึ่งจะเป็นการเปลี่ยนแปลงปริมาณ
ไนโตรเจนที่ขับออกมาในอุจจาระและปัสสาวะระหว่างที่ได้รับอาหารทั้งสองชนิด คำนวณหาคุณค่าทางชีวภาพของโปรตีน
โดยใช้สมการ ดังนี้

คุณค่าทางชีวภาพของโปรตีน          =              I-(F-F₀)-(U-U₀)    x  100

                                                                         I - (F - F₀)                                                                                           

เมื่อ           I            =   ปริมาณไนโตรเจนทั้งหมดที่ได้รับ

                F            =   ปริมาณไนโตรเจนในอุจจาระขณะที่กินอาหารที่มีโปรตีนตัวอย่าง

                F₀                  =   ปริมาณไนโตรเจนในอุจจาระที่มาจากภายในร่างกาย (endogenous)  เมื่อกินอาหารที่ไม่มีไนโตรเจน                   
                U            =    ปริมาณไนโตรเจนในปัสสาวะขณะที่กินอาหารที่มีโปรตีนตัวอย่าง

                U₀           =    ปริมาณไนโตรเจนในปัสสาวะที่มาจากภายในร่างกายเมื่อกินอาหารที่ไม่มี ไนโตรเจน
                                             
                                                             

สรุป คุณค่าทางชีวภาพของโปรตีน  =   ไนโตรเจนที่เหลืออยู่ในร่างกาย x 100

                                                        ไนโตรเจนที่ถูกดูดซึมเข้าสู่ร่างกาย

     ดังนั้น คุณค่าทางชีวภาพของโปรตีน จึงเป็นเปอร์เซ็นต์ของอัตราส่วนระหว่างไนโตรเจนที่เหลืออยู่ในร่างกายกับ
ไนโตรเจนที่ถูกดูดซึมเข้าสู่ร่างกาย

                    ไนโตรเจนที่เหลืออยู่ในร่างกาย  = ไนโตรเจนที่ร่างกายได้รับ – ไนโตรเจนในอุจจาระ ปัสสาวะและเหงื่อ

                 ไนโตรเจนที่ถูกดูดซึมเข้าสู่ร่างกาย = ไนโตรเจนที่ร่างกายได้รับ – ไนโตรเจนในอุจจาระ

โปรตีนที่มีคุณค่าทางชีวภาพสูง แสดงว่าเป็นโปรตีนที่มีชนิดและปริมาณของกรดแอมิโนตามที่ร่างกายต้องการ ทำให้
กรดแอมิโนที่ถูกดูดซึมเข้าไปในร่างกายสามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้ทั้งหมด จึงมีเหลืออยู่ภายในร่างกายมาก ช่วยทำให้
ร่างกายเจริญเติบโตและมีสุขภาพดี และมีไนโตรเจนถูกขับออกมาเพียงเล็กน้อย อย่างไรก็ตาม ถึงแม้คุณค่าทางชีวภาพ
ของโปรตีนจะให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ แต่ปริมาณของไนโตรเจนที่วิเคราะห์ได้ไม่ได้รวมไนโตรเจนบางส่วนที่ร่างกาย
สูญเสียออกไปทางเหงื่อ ผม และเล็บซึ่งวัดปริมาณไม่ได้