พอลิแซ็กคาไรด์ที่พบมากในอาหารคือ แป้งซึ่งมีสตาร์ชเป็นองค์ประกอบหลัก สตาร์ชจะเริ่มถูกย่อยตั้งแต่ภายในปาก
โดยอาศัยเอนไซม์ไทยาลิน (ptyalin) หรือแอลฟา-อะไมเลสในน้ำลาย ช่วยเร่งปฏิกิริยาไฮโดรไลซิสสตาร์ชได้เป็นพวก
โอลิโกแซ็กคาไรด์และเดกซ์ทริน หากเคี้ยวสตาร์ชอยู่ในปากนาน อาจถูกย่อยจนได้เป็นน้ำตาลมอลโทสและกลูโคสบ้างเล็กน้อย
เมื่ออาหารถูกกลืนผ่านหลอดอาหารลงสู่กระเพาะอาหาร น้ำย่อยในกระเพาะอาหารมีค่าพีเอช ประมาณ 1-2
(เท่ากับสารละลายกรดไฮโดรคลอริกความเข้มข้น 0.1-0.15 โมลาร์) ซึ่งจะยับยั้งการทำงานของเอนไซม์อะไมเลสในน้ำลาย
คาร์โบไฮเดรตจะไม่ถูกย่อยในกระเพาะอาหาร และจะถูกส่งผ่านไปยังลำไส้เล็ก ในลำไส้เล็กจะมีเอนไซม์อะไมเลสจากตับอ่อน
ทำหน้าที่ย่อยสตาร์ช ไกลโคเจน เดกซ์ทริน และโอลิโกแซ็กคาไรด์ให้เป็นน้ำตาลมอลโทส
เอนไซม์อะไมเลส ทั้งในน้ำลายและจากตับอ่อน เป็นเอนไซม์ชนิด 1,4-กลูโคซิเดส ซึ่งจะไฮโดรไลซ์สลายพันธะ
1,4-ไกลโคไซด์ในโมเลกุลของสตาร์ชและไกลโคเจนได้เป็นเดกซ์ทริน และย่อยสลายต่อเป็นน้ำตาลมอลโทส สำหรับพันธะ
1,6-ไกลโคไซด์จะถูกย่อยด้วยเอนไซม์แอลฟา-เดกซ์ทริเนส (1,6-กลูโคซิเดส) ซึ่งหลั่งออกมาจากเซลล์เยื่อบุผนังลำไส้เล็ก
นอกจากนั้นเซลล์เยื่อบุผนังลำไส้เล็กยังหลั่งเอนไซม์มอลเทส แล็กเทส และซูเครส (อินเวอร์เทส) เพื่อย่อยสลายโมเลกุลของ
ไดแซ็กคาไรด์ คือ น้ำตาลมอลโทส แล็กโทส และซูโครส ตามลำดับ ให้เป็นมอโนแซ็กคาไรด์ทั้งหมด ได้แก่ น้ำตาลกลูโคส
ฟรักโทส และกาแล็กโทส เพื่อดูดซึมเข้าสู่กระแสเลือดต่อไป