ในกระบวนการแปรรูอาหารให้เป็นผลิตภัณฑ์ชนิดต่างๆ จะทำให้เกิดการสูญเสียสารอาหาร ตัวอย่างเช่น ในขั้นการหั่นเป็นชิ้นเล็กๆ ทำให้มีพื้นที่ผิวสัมผัสกับออกซิเจนมากขึ้น หากเป็นผักและผลไม้ยิ่งหั่นชิ้นเล็กยิ่งสูญเสียวิตามินซี และเกิดปฏิกิริยา enzymatic browning reaction เปลี่ยนเป็นสีนำ้ตาล

การล้างในน้ำภายหลังการหั่นชิ้น ทำให้สูญเสียสารอาหารและวิตามินท่ีละลายได้ในน้ำ

การทอดในน้ำมันทำให้สูญเสียวิตามินและสารอาหารท่ีละลายได้ในไขมันและน้ำมัน

การได้รับความร้อนสูง จะทำให้สูญเสียสารอาหารท่ีสลายตัวได้ง่ายด้วยความร้อน โปรตีนเสียสภาพธรรมชาติ เอนไซม์สูญเสียกิจกรรม เป็นต้น