วิธีการประเมินคุณภาพของโปรตีนแต่ละชนิด ที่นิยมใช้กันในปัจจุบันมีหลายวิธีด้วยกัน ซึ่งจะพิจารณาจากค่า protein score,
chemical score, protein efficiency ratio (PER), biological value (BV) และ net protein utilization (NPU) ค่าเหล่านี้
เป็นวิธีการประเมินคุณภาพของโปรตีนที่แตกต่างกัน  ตัวอย่างเช่น chemical score เป็นเพียงการประเมินคุณภาพจาก
องค์ประกอบของโปรตีนว่ามีกรดแอมิโนชนิดใดมากน้อยเท่าไรโดยวิธีทางเคมี แล้วนำชนิดและปริมาณของกรดแอมิโนจำเป็น
ไปเปรียบเทียบกับโปรตีนในไข่ทั้งฟอง แต่ไม่สามารถบ่งชี้ได้ว่าเมื่อบริโภคเข้าสู่ร่างกายแล้ว จะนำไปใช้ประโยชน์ได้มากน้อยเท่าใด
ซึ่งแตกต่างจากค่า PER, BV และ NPU ซึ่งเป็นค่าที่แสดงความสัมพันธ์ระหว่างปริมาณโปรตีนในอาหาร และผลที่เกิดขึ้น
เมื่อบริโภคเข้าสู่ร่างกาย ค่า PER, BV และ NPU จึงขึ้นอยู่กับโปรตีนในอาหารและความต้องการโปรตีนของสัตว์ทดลอง