วิตามินบีหกทำหน้าที่เป็นโคเอนไซม์ของเอนไซม์ต่างๆ ที่เร่งปฏิกิริยาในเมแทบอลิซึมของกรดแอมิโน และมีบทบาท
ในการสร้างภูมิคุ้มกัน (antibodies) รูปที่ใช้ทำงานของวิตามินบีหกคือ ไพริดอกซาลฟอสเฟต ปฏิกิริยาที่จำเป็นต้องใช้วิตามินบีหก
เป็นโคเอนไซม์ ได้แก่

             1.      ปฏิกิริยาดีคาร์บอกซิเลชัน (decarboxylation) ไพริดอกซาลฟอสเฟต ทำหน้าที่เป็นโคเอนไซม์ของเอนไซม์
ดีคาร์บอกซิเลส ในปฏิกิริยานำหมู่คาร์บอกซิลออกจากกรดแอมิโนทริพโตเฟนได้เป็นทริพตามีน

             2.      ปฏิกิริยาแทรนส์แอมิเนชัน (transamination) ไพริดอกซาลฟอสเฟตเป็นโคเอนไซม์ของเอนไซม์แทรนส์แอมิเนส
ซึ่งเป็นปฏิกิริยาย้ายหมู่แอมิโนจากกรดแอมิโนชนิดหนึ่งไปยังกรดคีโท ได้เป็นกรดแอมิโนชนิดใหม่

             3.      ปฏิกิริยาแทรนส์ซัลฟูเรชัน (transulfuration)ไพริดอกซาลฟอสเฟตเป็นโคเอนไซม์ของเอนไซม์ดีซัลฟูเรส
(desulfurase) และแทรนส์ซัลฟูเรส (transulfurase) ในปฏิกิริยาการย้ายหรือตัดออกของหมู่ที่มีกำมะถันในโมเลกุลของ
กรดแอมิโนซิสเตอีน

             4.      จำเป็นต่อปฏิกิริยาการเปลี่ยนทริพโตเฟนเป็นไนอะซิน

             5.      จำเป็นต่อปฏิกิริยาการสลายตัวของไกลโคเจนเป็นกลูโคส-1-ฟอสเฟต

             6.      จำเป็นต่อการสังเคราะห์กรดไขมันชนิดไม่อิ่มตัว